獨資商號變更負責人後，如果遭稽徵機關查獲違章事實，且發生在變更前，國稅局表示，「一人做事一人當」，此時開罰對象就是變更前的負責人。

財政部台北國稅局表示，獨資商號實際上屬於個人事業，必須以獨資經營者為權利義務主體，因此，獨資商號如有觸犯稅法上違章事實，必須受到處罰時，應該以其負責人為懲處對象。

相關規定指出，當獨資商號有逃稅、避稅等違章事實應受處罰時，以違章行為發生時所登記的負責人為論處對象，不會因為變更負責人，就將處罰轉嫁到新的負責人身上。

國稅局提醒，營利事業如自行發現有短漏稅捐相關違章情形，必須盡速向稅捐稽徵機關補報並加計利息補繳所漏稅額。