配合金管會鼓勵營業人使用電子支付，財政部近來修正「稅務違章案件裁罰金額倍數參考表」，新增電子支付違章情形、放寬處罰，短漏報銷售額在一成以內、虛報進項稅額在7%以下者，按所漏稅額處0.25倍罰鍰，但營業人使用電子支付的進銷金額須占整體逾5%。

商家原本使用電子支付若有短漏報營業稅等情形，按照原本的違章情形裁罰，按所漏稅額處最高五倍以下不等的罰鍰，但為鼓勵商家多使用電子支付，財政部修正「稅務違章案件裁罰金額倍數參考表」第51條，新增電子支付兩項裁罰標準，包括短漏報銷售額者、虛報進項稅額者。

過去電子支付商家若有短漏報銷售額情勢，例如申報當期銷售額時有短漏報情形，按漏稅額處一倍罰緩，但在修正後，現在商家若有該類違章情形，則改處0.25倍罰鍰，罰則相對放寬。但「營業人使用電子支付收款的銷售額比率須占該期銷售額5%以上，且短漏報的銷項稅額須占全部銷項稅額10%以下」。

而虛報進項稅額者，營業人使用電子支付付款的進項金額，也須占全部進項金額的比率5%以上，且其多報的進項稅額比率得占該期全部進項稅額的7%以下才可適用，按所漏稅額處0.25倍的罰鍰。