財政部修正營所稅查核準則，配合相關法規訂定及解釋令修正相關規定，其中關於房地合一課徵所得稅規定，修正出售土地利益免稅的範圍、土地與房屋時價參考資料，並明定土增稅不可列為成本費用。

房地合一上路滿一年，不少民眾開始會有買屋、賣屋需求，若營利事業出售不動產依規定所繳納的土地增值稅，若為2016年1月1日以後取得，或2014年1月2日以後取得、並持有未滿兩年的不動產，依照新制房地合一規定，不得列為成本費用，亦不得於收入項目之下減除。

財政部官員表示，由於所稱房地交易所得額，是指收入減除相關成本、費用或損失後的餘額，因新制已減除土地漲價總數額，為免重複減除，出售所繳納的土地增值稅，不得列為成本費用。