財政部表示，中小企業研究發展支出抵減營利事業所得稅，採曆年制企業最遲5月底前要提出申請，才可以享有研究發展支出抵減10%或15%的抵稅權利。

財政部表示，中小企業研究發展支出適用投資抵減所得稅，有兩種抵減方式可供選擇，即可選擇「抵減率15%，但僅限抵減當年度所得稅」或「抵減率10%，自當年度起抵減三年所得稅」，兩者只能擇一適用，每年度抵減金額不得超過當年度應納稅額的30%。

除此之外，中小企業還需注意需在規定期限內提出申請，才可以享受抵稅優惠。財政部表示，依據中小企業發展條例及其相關子法規定，辦理公司登記且符合中小企業認定標準所定基準的公司，從事具備「一定創新程度」的研究發展活動支出，可抵減公司的應納所得稅，但必須在當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日前，向中央目的事業主管機關提出申請。

以104年度營利事業所得稅結算申報為例，採用曆年制的公司，今（2016）年2月1日起至5月31日止，檢具相關文件向中央目的事業主管機關申請認定其104年度研究發展活動是否符合獎勵規定，並在今年5月辦理104年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報一併向國稅局提出抵稅申請。