公司辦理營利事業所得稅申報時，可依據《產業創新條例》規定，選擇以「抵減率15%、抵減年限一年」或「抵減率10%、抵減年限三年」二擇一方式，在當年度應納營所稅30%限額內抵減應納稅額，不過國稅局提醒，列報的各項研發支出，都要符合專供研發所用，否則無法認列。

經濟日報提供財政部北區國稅局表示，為鼓勵產業自主研發，充實產業軟實力，產創條例規定，最近三年內無違反環保、勞工或食安相關法律且情節重大的公司，其投資在研究發展的支出，經主管機關認定符合高度創新者，可抵減應納營所稅額。

國稅局表示，各項研究發展支出項目規定各有其要件，提醒公司在申報時注意。

舉例而言，甲公司2017年營所稅申報研發支出6,000萬元，及投資抵減稅額900多萬元，但國稅局查核後發現，研發支出竟包含100多萬行政人員薪資、2,000多萬的新購儀器設備，都不是專屬於研發所用的人力或設備，因此被國稅局剔除並補稅300多萬元。

國稅局提醒，可列報研發支出的各項支出項目，都必須符合規定要件。例如，薪資要列報，必須符合專門從事研發工作的全職人員薪資才可以；消耗性器材、原料等費用，則規定必須專供研發單位研究所用，且要提供完整的領料紀錄，並與從事的研究能互相勾稽，才能列報。

另外常見公司列報支付專利權、著作權等費用，也必須是專為研發購買或使用；購買專業性、特殊性資料庫，或軟體程序及系統費用，也同樣要專為研發所購買，並經中央目的事業主管機關專案認定。

國稅局指出，公司或有限合夥事業在辦理當年度營所稅結算申報時，若想使用投資抵減，可從抵減率15%、抵減年限一年或抵減率10%、抵減年限三年兩方式二擇一，而抵減方式一經擇定，在當年度結算申報期間屆滿後就不得變更，營利事業記得慎選，也必須注意各項要件，以免遭剔除補稅。