電子發票跟傳統發票不同，字軌號碼是由營業人自行輸入或匯入，常常發生號碼重覆的情況，南區國稅局給營業人三個建議，第一是應採檔案匯入的方式輸入字軌號碼，第二是主動向系統業者提出查核機制需求、第三則是主動申報已開錯的發票。

南區國稅局表示，最近越來越多營業人導入電子發票系統，為了依法登載字軌號碼，營業人必須到財政部電子發票整合服務平台下載字軌號碼檔案，但許多營業人由於不熟悉軟體，會選擇用人工方式，一個字一個字輸入字軌號碼，極有可能發生開立電子發票字軌號碼錯誤或重複開立情形，造成買受人及兌獎作業困擾。

官員指出，建議採用電子發票的營業人，一定要訓練員工直接將平台提供的csv檔匯入電子發票系統，避免人工輸入錯誤的風險。