因應營業稅及營所稅稽徵實務需求，財政部修正稅籍登記規則，跨境電商稅籍登記將需標註「銷售電子勞務種類」，目前已有76家登記稅籍，累計至2018年1、2月期營業稅已達約24.55億元。

跨境電商自2017年5月1日起銷售電子勞務與境內自然人，應辦理稅籍登記並報繳營業稅。至今年1、2月期營業稅已有五期，根據台北國稅局統計，已有78家境外電商申請核准辦理稅籍登記，其中有兩家因爲銷售貨物而註銷登記，累計申報銷售額有566.14億元，繳納營業稅24.55億元。

目前跨境電商來台辦理稅籍登記的網站已有設計營業類型，例如線上影音、軟體、遊戲或是電子書等，業者在登記時可勾選，但由於法規上並未強制規定，導致部分業者並未勾選，如此一來，稅局人員在檢核時較為不便，也可能與實際業務有出入。

同時，今年5月跨境電商也要繳納營所稅，因此為因應營業稅及營所稅的稽徵實務需求，財政部修正稅籍登記規則，營業人申請稅籍登記的「經營資訊」部分，增列「銷售電子勞務種類」，預告期至6月11日，將自公告日後實施。

為瞭解境外電商或與境外電商交易的營業人有無覈實報繳營業稅，國稅局已蒐集課稅資料勾稽查對，也在查核過程中發現仍有境外電商對營業稅新制仍不清楚，台北國稅局也針對時下消費者透過國際網路訂房平台預訂國內飯店甲住宿房間之例子，整理三種不同平台的交易模式。

假設A、B跨境電商皆是訂房平台，前者住宿款是由跨境電商A收取，報稅主體即是跨境電商，且應辦理稅籍登記;後者B訂房平台的住宿款，是由國內飯店甲收取的話，營業稅報稅主體即是甲，跨境電商B不需辦理稅籍登記。

至於第三種交易模式，跨境電商搜尋訂房平台，住宿款是依照定訂房平台與國內飯店所訂交易收款方式（跨境電商或是國內飯店）而定，且其搜尋訂房平台向訂房平台收取價款未收取消費者住宿款的情況之下，跨境電商不需辦理稅籍登記，但營業稅報稅主體，是收取住宿款者。