配合稅改廢除兩稅合一設算扣抵制度，財政部已預告修正「所得基本稅額條例施行細則」，刪除營利事業股東可扣抵稅額帳戶餘額留抵及計算相關規定；自今年1月1日起，營利事業毋須設置股東可扣抵稅額帳戶。

同時，配合2014年6月4日修正公布「中小企業發展條例」第35條投資抵減租稅優惠措施，將中小企業研發支出抵減納入所得基本稅額投資抵減適用範圍。

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