企業在申報所得稅時，若有虛報營業成本，使短漏課稅所得與未分配盈餘時，將依照所得稅法規定，針對課稅所得與未分配盈餘漏報，處以兩種不同的處罰，而財政部南區國稅局指出，其轄區的A公司連續漏報課稅所得與未分配盈餘，兩項違法遭處罰，卻認為兩者處罰目的相同，應擇一從重處罰即可，隨後提起行政訴訟最終敗訴，強調此兩項為不同項目，若有企業違法，依法需分開處罰。

南區國稅局表示，營利事業若是短漏課稅所得，違反的是所得稅法第71條第1項規定，若是短漏報未分配盈餘，則是會違反同項法規的第102條之2規定，而兩者皆為違法行政法義務，依照行政罰法第25條規定，應該分別處罰，並不會產生重複處罰的問題。

南區國稅局舉例，其轄區中的A公司在101年度營利事業所得稅結算申報，但經過國稅局查獲，其取具無進貨事實、銷售額為1300萬元的統一發票作為進項憑證，以此虛列營業成本，導致短漏報課稅所得1300萬元，而國稅局對此除了要求補稅221萬元外，同時處以176.8萬元的罰鍰。

另一方面，同一年度的未分配盈餘，則同樣是因為相同事實，經查後被要求補繳未分配盈餘加徵營所稅的10%、107.9萬元，並處以43.16萬元的罰鍰。

然而，A公司對此不服，主張國稅局分別依照所得稅法110條與110條之2處罰，兩者處罰目的相同，是否應擇一從重處罰即可，對此申請複查未獲變更，隨後依照程序分別申請訴願與行政訴訟，而經最高行政法院判決後仍敗訴。

南區國稅局官員強調，漏報營利事業所得與未分配盈餘是兩種不同的行為，而根據所得稅法就是兩種不同的法律義務，而其在處罰上當然也是分開處罰。

官員最後提醒，企業在某年度的營利所得，其營所稅是在隔年申報，而未分配盈餘加徵營所稅則是在再下一個年度才是申報時間。官員舉例，107年度的營利所得，其營所稅申報就是108年5月，而未分配盈餘則是在109年度申報。