資誠聯合會計師事務所會計師段士良表示，有意申請適用大陸高新技術企業的台商，尤其是跨國企業，應審慎評估利潤配置原則，否則所繳納的總稅負不一定比適用前的總稅負低。

段士良指出，為免企業供應鏈在大陸留下的利潤太少，在海外低稅負國家分配過多利潤，透過移轉訂價避稅，大陸稅局已將移轉訂價列為查稅重點，並緊盯企業的利潤率。

因此，有意申請適用大陸高新技術企業的台商，應審慎評估利潤配置原則，否則在大陸所繳納的總稅負，不一定會比適用高新技術前的總稅負低。

大陸一般製造業的所得稅率是25%，高新技術企業的所得稅率是15%，段士良舉例，如果甲企業的營收是人民幣1億元，一般製造業的利潤率是1%，也就是賺人民幣100萬元，須繳納人民幣25萬元的稅；高新技術企業的利潤率是2%，也就是賺人民幣200萬元，則要繳納人民幣30萬元的稅。高新技術企業繳的稅反而多。

其次，段士良說，高新技術企業認定的條件包含：研發費用占銷售收入比例、科技人員占比等，台商在申請適用高新技術企業時，都應一併評估。 根據規定，高新技術企業從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業當年職工總數不低於10%。近一年高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入不低於60%。