營利事業辦理所得稅結算申報，應誠實列報相關收入及成本費用，以免遭補稅處罰，導致影響前十年核定虧損扣除額的適用。但財政部也表示，營利事業如短漏報情節輕微，仍可適用所得稅盈虧互抵。

國稅局指出，若是營利事業經稽徵機關查獲短漏所得稅稅額，不超過新台幣10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額的比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，可視為短漏報情節輕微，免按會計帳冊簿據不完備認定，仍可適用所得稅法第39條有關前十年虧損扣除的規定。

根據所得稅第39條，以往年度營業的虧損，不得列入本年度計算。但公司組織的營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，可將經該管稽徵機關核定的前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。

舉例來說，甲公司2013年營利事業所得稅結算申報，列報前十年核定虧損本年度扣除額600多萬元，經國稅局查獲短漏報出售房屋利益1,000萬元，其短漏報稅額170萬元，超過新臺幣10萬元。

其短漏報課稅所得額占全年所得額的比例15%，超過5%的標準規定，因此，不適用所得稅法第39條盈虧互抵規定，國稅局也核定前十年虧損扣除額為0元。

官員也提醒，所謂的「會計帳冊簿據完備」是指公司已依商業會計法及所得稅法等相關法令，規定設置帳簿並依法取得憑證，但公司如經查獲有短漏報所得，且情節重大，將會被視為會計帳冊簿據不完備，而無法適用盈虧互抵的規定，營利事業須留意。