夫妻分居但要申報綜所稅，國稅局表示，若要分開申報，可在申報書上載明相關項目，並註明已分居；若必須分別開單計稅者，必須另外附申請書，經國稅局計算應納稅額後，分別發單補徵。

南區國稅局表示，夫妻分居若符合「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額之認定標準」規定，就能分開申報，其認定標準依民法規定，難於維持共同生活、不同居已達六個月以上，向法院聲請宣告採用分別財產制者，及不繼續共同生活達六個月以上，經法院裁定未成年子女權利義務行使或負擔者，或者屬依家庭暴力防治法規定取得通常保護令等。

該局表示，若夫妻感情不睦分居，但不符合「納稅義務人與配偶分居得各自辦理綜合所得稅結算申報及計算稅額的認定標準」規定者，如是要分別申報綜所稅，需在結算申報書內載明配偶姓名、身分證字號，並註明已分居，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報。

若要申請分別開單計稅者，必須另附申請書，國稅局會計算夫妻各自應分攤的應納稅額，減除其已扣繳稅款、可扣抵稅額及自繳稅款後，分別發單補徵。

國稅局表示，申請分別開單計稅者，當申報的扶養親屬無重複時，就按夫妻各單身的身分，分別申報綜合所得總額，依法減除列報的扶養親屬免稅額及扣除額後，分別核算應納稅額。

但若夫妻分別申報的扶養親屬有重複，就先分別剔除重複申報的免稅額及扣除額後，再依前述規定分別核算應納稅額，之後再以歸戶合併後的全部應納稅額，按彼此的應納稅額占全部應納稅額的比例，分別計算應分攤的應納稅額。