財政部提出調高薪資所得特別扣除額，將是近十七年來第六次調整，雙軌制部分，成本費用高於扣除額者可選採用列舉扣除額方式，但立委質疑會增加徵納雙方糾紛，應明訂可列舉的範圍。財長許虞哲也說，各國制度不同還需詳細研究，預計明年上半年才會提出來，學者則認為應同步檢討執行業務所得費用率是否恰當。

許虞哲指出，逐一列舉哪些費用可以減除，必須要詳細研究，每個國家制度都不同，例如有些國家在治裝費、制服洗滌費可以列舉減除，但有些上下班的交通費卻又無法減除等，範圍有很多限制，另外雇主負擔部分也要考量，所以需要詳細研究，否則會有很多爭議，由於大法官釋憲要求兩年內修正，所以預計範圍部分明年上半年才會提出相關方案。

中經院諮詢委員孫克難表示，薪扣額調高若與稅改一併調整，可能是在股利所得稅改部分會有對薪資所得者不利，所以作為平衡調高薪資所得扣除額，一般上班族受薪階級應該都可受惠、爭議偏小。

政大財政系教授陳國樑指出，薪資所得特別扣除額若要定額、列舉雙軌並行，恐怕大部份的人「看得到吃不到」，由於現在有八成的人使用標準扣除額，預估未來也有八成會持續採用定額因較為便利，一般上班族要收集超過十二點八萬元的單據相對不易。

此外，在所得稅改方面，股利所得大部分集中在高所得者，個人在綜所稅稅負有機會降低，但若在薪資扣除額採雙軌制之下，列舉扣除也有利中高所得，等於雙重優惠，需要考量稅制的衡平性，建議應該與稅改方案脫鉤討論。

陳國樑說，財政部檢討應有兩個方向，除薪資所得特別扣除額調高、採雙軌制，也應該考慮檢討執行業務所得費用率，現行過於寬鬆，應該兩端都要檢討。