國稅局表示，公司從事研究發展取得的政府補助款，除了列為收入外，也應自申請租稅獎勵的研究發展支出中減除。

財政部南區國稅局表示，政府為鼓勵公司從事研究與發展，提升國際競爭力，對於公司的研究發展支出，訂有租稅減免獎勵規定。

但公司若有向各級政府機構申請研究補助，並已取得政府補助款，除了在辦理營利事業所得稅結算申報時應將該筆補助款列報收入外，也應從申請租稅獎勵研究發展支出中減除，以避免同一筆研發支出享有政府補助及租稅減免的雙重優惠。

該局在查核轄內某公司103年度營利事業所得稅結算申報案件時，發現該公司列報研究發展支出2,000萬元，並依產業創新條例申請適用研發投資抵減稅額300萬元（2,000萬元×抵減率15%）。該公司在當年度有取得經濟部給付研究發展計畫補助款500萬元，該公司雖已依規定將補助款列報其他收入，但發現該補助款並未自申請投資抵減的研究發展支出中減除。