若是營利事業代關係企業支付進行併購的相關費用，國稅局表示，其支出應屬於關係企業長期投資成本，不得認列自身費用。

財政部南區國稅局表示，集團母公司常因未來營運規模、通路擴充或是提升產銷效率等因素，在進行水平或垂直整合的併購規劃時，常會委託國內外專家，對被收購公司進行各方面評估以及媒合對價等事宜，其間因併購交易所支付會計師、律師、鑑價及信託登記等境內外相關費用。

若是該被收購公司的股權，是由集團內的子公司所承受，則母公司因該併購交易所代支付的收購費用，因為與公司業務無關，不得列為母公司費用。