若公司經查獲短漏報所得時，情節輕微者才可適用盈虧互抵規定。財政部表示，所謂情節輕微者認定，包括短漏所得稅稅額不超過10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額的比率不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微。

財政部官員指出，近來有民眾詢問，公司去年申報營利事業所得稅為會計師簽證且虧損，但是最近發現漏報所得50萬元，是否可適用盈虧互抵。現行營利事業符合公司組織、會計帳冊簿據完備、虧損及申報扣除年度均用藍色申報書或經會計師查核簽證、如期申報等四要件，可將經稽徵機關核定前十年各期虧損，自當年純益額中扣除。

但官員也說，其營利事業須為「短漏報情節輕微者」，也就是經會計師查核簽證申報的營利事業，如經稽徵機關查獲短漏所得稅，其稅額不超過10萬元，或短漏報課稅所得額，占全年所得額比率不超過5﹪，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，可以視為短漏報情節輕微，適用前十年虧損扣除的規定。

至於實務上營利事業因疏忽而未取得憑證，或誤取得非實際交易對象所開立憑證者，如能符合兩項規定之一，仍可適用以前年度虧損扣除的規定，其一包括營利事業已誠實入帳，且在稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露。

其二則是營利事業進貨、費用或損失列報理應要取得憑證，若經稽徵機關查獲未取得憑證，但只要當年度進貨、費用及損失須列報的總金額，不超過120萬元，或占同年進貨、費用及損失所有交易憑證總金額的比率未超過10%，仍可視為情節輕微者。