財政部表示，民眾若將數筆土地合併後，其中部分土地在合併前不屬於房屋坐落基地，於出售時無法一併適用自用住宅用地稅率課徵土地增值稅。

根據財政部1990年函釋，土地合併後出售，其中部分在合併前不屬房屋坐落基地，應無一併按自用住宅用地稅率課徵土地增值稅的適用。

現行地價稅一般稅率為千分之10~55，採累進方式課徵，而自用住宅用地稅率為千分之2。

所以土地所有權人於出售前，將原來不屬於房屋坐落基地的土地，先辦理合併到該筆自用住宅用地，想要全部適用自用住宅用地稅率，稅捐稽徵機關審核時，會扣除該後合併的面積，僅以原合併前的面積核課自用住宅用地土地增值稅，其餘仍按一般用地稅率計課。

財政部舉例說明，某甲原擁有A地號土地，屬房屋建築基地，後又購置鄰地B地號，出售前將B地號土地合併至A地號土地，但B地號土地合併前，非建物權狀、建築執照或建物勘測成果表所載的房屋坐落基地號，亦非供主建物出入通道使用的土地，雖出售前已合併成為A地號土地，該部分土地依仍不能一併適用自用住宅用地稅率計課土地增值稅。

官員也提醒，若民眾出售自用住宅用地，但地上房屋並未辦理保存登記，無法提供建物權狀，可檢附建築管理機關所核發的建築執照或使用執照、或地政機關所核發的建物勘測成果表，作為建物證明文件提出申請。