依照現行稅法，營業人取得合法憑證，可以進項稅額扣抵營業稅。台北國稅局指出，營業人的進項稅額若要扣抵或退還，應以「已申報者」為前提，並非所取得的進項憑證都可以成功扣抵。

根據營業稅法規定，營業人不論有無銷售額，都應按期申報營業稅。營業人如果要以進項稅額扣抵銷項稅額，應該要依法辦理營業登記，並在購買貨物或勞務時取得統一發票，或其他經財政部核定的憑證，憑證內容必須載有買受人名稱、地址、統一編號和營業稅稅額。

符合條件的營業人，須在申報期限內附上憑證，向稽徵機關申報扣減，已申報者才可讓國稅局准予扣抵或退還。值得注意的是，營業人如果有未依規定申請營業登記、未按應納稅額繳納營業稅、或短漏報銷售稅額的情形，遭到國稅局處罰，即使營業人在經查獲後提出合法的進項稅額憑證，仍然不得扣抵以漏報銷售額計算的銷項稅額。換句話說，即使確實取得合法憑證，但未向稽徵機關成功申報的進項稅額，就無法主張扣抵或退還。

國稅局舉例，甲君在拍賣網站銷售貨物賺取收入，被查獲有漏開統一發票、漏報銷售額的情形，經核定須補徵營業稅和處以罰鍰。甲君主張該進口商品在進口時已經由海關代徵營業稅，應先扣減該代徵營業稅款，再行核定補徵營業稅和相關罰鍰。國稅局指出，甲君未依規申請營業登記，而以自然人名義在進口時繳納營業稅額，不符規定，於是駁回甲君復查申請，不得扣減稅款。