南區國稅局表示，現行所得稅法，給予企業長達十年的虧損可扣除年限規定，並不適用於依企業併購法合併後的存續公司，提醒此類企業留意，應提早做好正確稅務規劃，以免喪失扣除權益，還得遭補稅。

舉一行政訴訟案例為例，甲公司和乙公司於2009年依據企併法合併，以甲為存續公司，甲公司申報該年度營所稅時，列報了由乙公司那繼受的92年度虧損扣除額400多萬元，但國稅局卻不准其認列。

甲公司主張，政府基於有利企業以併購方式進行組織調整，發揮企業經營效率，才制定企併法，依照企併法第38條規定，參與合併的公司，在合併前尚未扣除的虧損，可由合併後的存續公司繼續使用，可使用的扣除時間為五年，目的在於減少公司因併購而喪失的租稅權益。

甲公司指出，既然所得稅法中，已將虧損可扣除年限由五年延長為十年，該項條文也應可適用於合併後的存續公司，放寬可扣除年限為十年，以符合企併法鼓勵企業透過併購發揮經營效益的精神。

案件打進行政法院，最終行政法院判決甲公司敗訴，判決主因在於，企併法中已明訂合併後的存續公司，繼受的虧損可扣底年限為五年，因此應優先適用之，而非適用所得稅法中的規定。