與綜合所得稅稅率比較，房地合一課稅制施行後，出售房產的利得稅負最高亦達到45%。不過，與一般所得不同之處在於，房產利得稅率不是一成不變，而是根據持有期間長短，決定稅負輕重，持有超過十年以上，可按最低稅率15%繳稅。

立法院通過的所得稅法部分條文修正草案，有關房地合一課稅制的一般性稅率（即非自用住宅），依據所有權人為企業或個人、身分是境內居住者或非境內居住者，以及持有房產期間長短，分別訂有二到四級高、低不同的稅率。

以個人為例，境內居住者的適用稅率與「非境內居住者」相比，稅率級距不僅較多，還可擁有長期持有的輕稅選擇；而非境內居住者因其適用稅率的分級較少，在台售屋利得稅負，平均會較居住者為重。

依據稅法，境內居住者適用的房地合一稅率共分四級，按其持有不動產年限依序是：期間未達一年，稅率45%；持有一年以上、未達二年的稅率是35%；持有二年以上、未達十年為20%；持有超過十年才出售，稅率降至15%。

非境內居住者出售在台持有的不動產，利得稅率只有二級，持有期不滿一年，會被課以45%最高稅率；持有超過一年，稅率降為35%。

換言之，雖然房地合一課稅制施行後，境內外居住者的最高稅負表面一致，但境內居住者只要長期持有不動產，不要在二年內從事短期買賣行為，出售房產的利得就可降至20%以下，遠較非境內居住者為輕。

既然境內與境外居住者的稅率大不相同，所謂境內居住者究竟指得是誰？按照稅法規定，境內居住者必須合乎：在中華民國境內有住所，且經常居住在我國境內；或是，在中華民國境內無住所，但在一個課稅年度內於我國境內居留滿183天者。兩項要件只要符合其中之一，即是我國境內居住者。

例如甲舉家遷美並長期在美國工作，甲在台灣留有一棟房產，依規定，只要甲在一個課稅年度內，返台並居留時間逾183天，甲就算是台灣的居住者。非境內居住之個人的適用稅率，與總機構在中華民國境外的企業完全一致，這項高稅率的設計目的，在防止外籍人士與外資企業來台炒房。至於我國境內一般營利事業的房地合一稅率維持17%，與正常營所稅率一致。（基礎篇四之二）