頂新魏家四兄弟遭國稅局專案調查，熟悉稅務實務的會計師表示，依據過去經驗，遭到專案調查的案件，八成都會被補稅並罰鍰，連補帶罰金額，至少千萬元起跳。

會計師指出，財政部每年都會透過電腦選案系統，先選出一萬件資金流異常案件，再篩出其中的1,000件，分給五區國稅局調查，一區負責200案；各地稅局又會從中選出具「調查價值」高的案件，進行專案調查。

一般來說，專案調查一年內必須結案，過程中，國稅局會向銀行要求提供納稅義務人的帳戶資訊、資金往來單據或外匯水單，以掌握整體資金流向。

會計師指出，近年專案調查中，出現不少跨足兩岸的台商，為避免企業在對岸所得要匯回台灣時，還得先繳稅，因此在對岸做生意，但貨款卻都是在台用相互的私人帳戶支付，造成個人帳戶資金大筆匯出匯入，而遭國稅局盯上。