公司為留住人才、提升員工福利，與醫療院所簽訂勞工健康檢查合約，並由公司負擔員工的健檢費用，如果非屬勞工安全衛生法規定的檢查項目，須視為是公司對員工的補助，應列入員工薪資所得課稅。

這類健檢費用，一般包含三項檢查費用: 雇主在僱用勞工時，應施行「體格檢查」；對在職勞工應施行「定期健康檢查」；對於從事特別危害健康之作業者，應定期施行「特定項目之健康檢查」。

公司代員工支付的這三項健檢費用，除了「定期健康檢查」及「特定項目之健康檢查」是公司依照勞工安全衛生法負擔的健康檢查費用，免視為勞工薪資所得外，公司在僱用員工時，對於員工應施行「體格檢查」所負擔的費用，屬於員工職務上取得的補助費，為員工薪資所得一部分，應在發放時依各類所得扣繳率標準扣繳稅款。