財政部官員表示，商譽的問題很複雜，有點虛無飄渺，所得稅母法中並無規定，所以徵納雙方很容易落入各說各話的狀況。在實務上，台灣許多併購案都是關係企業間的交易，因此國稅局及法院在商譽認定上，更會「從嚴認定」。

財政部官員說，很多併購案都是關係企業，容易讓外界衍生「左手換右手」的質疑，因此國稅局容易對商譽採取比較嚴格的解釋，質疑真實性。併購的方式很多，有時只是部分營業讓與，有時是部門分割，什麼是商譽，很難界定。

舉例來說，只是買下另一家公司的幾間分公司，換個招牌，會有商譽嗎？國稅局也擔心，藉由併購，已經讓企業大股東大賺一筆，如果認列商譽，可能是讓大股東再賺一手，讓國庫平白損失。

財政部官員表示，雖然最高行政法院庭長法官聯席會決議，企業併購取得的商譽，舉證責任應由業者（納稅義務人）負客觀舉證責任；但業者若提出具體評價報告，並克盡證明真實性與合理性的責任後，國稅局依然無法採信，則舉證責任就轉移到國稅局，需由國稅局證明商譽不存在。