連鎖加盟店因為具備一定商譽，往往可以帶來人潮及買氣，財政部南區國稅局近期鎖定加盟店查稅，包括加盟主向加盟店收取權利金時，是否誠實開立發票，以及旗下加盟店有無辦理營業登記等，都在調查之列。

國稅局對加盟店展開查稅作業，目前也已經有斬獲。南區局說，破獲規模較大的一宗案件，逃漏稅額將近500萬元。被查獲的這一家連鎖店，因利用部分小規模加盟店負責人不諳稅法，向加盟店收取的裝潢設備、生財器具及原物料費等時，取巧未依規定開立統一發票，且金額龐大。調查期間國稅局也發現，連鎖店旗下常有加盟店未辦營業登記，因此，此次鎖定加盟店查稅，除針對加盟主有無漏開發票之外，也會加強輔導加盟店家辦理營業登記。

依據國稅局查獲的漏稅類型，以連鎖商店未主動開立統一發票最多。國稅局表示，這次的查核行動，會以調查加盟主供貨給加盟店，收取權利金或各項名目收入，有無依法開立統一發票為主，另外其旗下的所有加盟店有無依法辦理營業登記、是否已達統一發票使用標準（月營業額20萬元），也會一併納入調查。

南區國稅局提醒，在中華民國境內銷售貨物或勞務，均應依規定課徵營業稅；營業人銷售貨物或勞務，亦應依營業人開立銷售憑證時限表規定時限，開立統一發票交付買受人。